En la Batalla de Hogwarts, Bellatrix se enfrentó a Ginevra Weasley, Luna Lovegood y Hermione, camiseta tottenham pero estas fueron apartadas por Molly Weasley. Kingsley durante la batalla de los siete Potters. La boda fue interrumpida por el patronus de Kingsley Shacklebolt quien informó a los invitados de la caída del Ministerio de Magia ante los mortífagos. Hermione voló en un thestral con Kingsley Shacklebolt. Con el tiempo, llegaron a salvo en La Madriguera, donde Hermione se sintió aliviada enormemente al ver a Harry con vida, pero estaba muy preocupada cuando Ron no se presentó a tiempo. Hermione luchó en la batalla y se mantuvo indemne gracias a Felix Felicis, ya que Harry le había dicho que la bebiera junto a Ron y Ginny. Él llegó a estar aún más enojado con ella cuando ella creía que Harry había puesto Felix Felicis en el jugo de calabaza de Ron para ayudarlo en sus habilidades de Quidditch, a pesar de haberlo creído en un principio él mismo, la acusó de no tenerle fe, cuando descubrió que no había bebido la poción en absoluto. A pesar de sus protestas, Hermione y Ron se comprometieron a renunciar a su séptimo año de la escuela con el fin de ayudar a Harry.
Hermione también desaprobó fuertemente a Harry por usar el libro de texto del «Príncipe Mestizo» para salir adelante en pociones injustamente. Por otra parte, Hermione estaba segura de que Malfoy no podía hacer entrar ningún objeto oscuro en Hogwarts sin alertar a Filch. Antes de salir de la escuela, Hermione fue capaz de convocar los libros sobre los Horrocruxes del despacho de Dumbledore, donde el fallecido director los había mantenido después de que el tema hubiese sido prohibido en Hogwarts. Después, Harry les contó acerca de su deseo de abandonar Hogwarts para buscar los Horrocruxes, que eran la clave para derrotar a Lord Voldemort. Después, Ron, quien estaba aliviado de que la cita de Hermione y de McLaggen no había estado bien y estaba creciendo el descontento en su relación con Lavender, intentó hablar con Hermione pero ella no le hizo caso. Después de esto, Hermione fue a la fiesta de Navidad mencionada con Cormac McLaggen para vengarse de Ron, pero no fue así debido a la antigua descortesía. Él fue apaciguado cuando Hermione le reveló que ella le iba a preguntar si quería asistir a la fiesta de Navidad de Slughorn con ella, y los dos parecían en camino a una relación romántica.
En ese momento, Ron estaba visiblemente desilusionado con su relación con Lavender, quien se había convertido posesiva de él y lo llamaba por el apodo molesto «Ro-Ro». Ese año, Hermione también dominó la magia no verbal. A lo largo del año, ella y Ron fueron escépticos con respecto a las afirmaciones de Harry sobre que Draco Malfoy era un mortífago y estaba tramando algo. Más tarde sorprendió a otro mortífago y silenció a Antonin Dolohov antes de que pudiera alertar a los otros mortífagos de la ubicación del grupo. Raphinha ahora no quiere jugársela él solo y en vez de disparar la pone atrás para Neymar, quien llega tarde al remate. Después de que Lavender viera a Ron y Hermione salir solos de los dormitorios de los chicos (Harry estaba bajo la Capa de Invisibilidad) tuvo una pelea con Ron y rompió con él. En el momento en que llegaron a Hogwarts, los sentimientos románticos de Hermione hacia Ron se habían hecho evidentes, y ella se molestó cuando él y Lavender Brown comenzaron a salir. Todo esto culminó con Ron comenzando una relación muy pública con la otra estudiante de Gryffindor, Lavender Brown.
Cuando se enteró de la relación de Ron con Lavender, ella conjuró una bandada de aves silvestres para atacar Ron. Comenzó evitando a Lavender, quien pronto empezó a sospechar de su relación con Hermione, lo que en última instancia condujo a una discusión sobre ella. Después, Hermione y Ron estaban más cómodos juntos, y su relación mejoró considerablemente, aunque una relación romántica se mantuvo fuera de su alcance. Después, fue una espada más del poderoso ataque de los de Conte. McGonagall estaba notablemente molesta cuando Hermione estaba petrificada en 1993, aunque le concedió a Harry y Ron permiso para saltarse una clase para que pudieran visitar a Hermione en el ala del hospital. Una frustrada Hermione en la clase de pociones. Hermione en la clase de pociones con el profesor Slughorn. Posteriormente, Ron comenzó a tratar a Hermione fríamente, para su desconcierto. Hermione comenzó a planificar su viaje con Harry y Ron inmediatamente. A través de estas lecciones Harry y a su vez Hermione y Ron aprendieron sobre los Horrocruxes de Lord Voldemort. Los dos lucharon contra al menos cinco mortífagos, posiblemente matando a uno e hiriendo a dos y fueron perseguidos por el propio Lord Voldemort en un punto.