Mientras Harry y Luna Lovegood fueron a la torre de Ravenclaw, Hermione y Ron recuperaron colmillos de basilisco de la Cámara de los Secretos con el fin de usarlos para destruir los Horrocruxes, y Hermione destruyó la copa de Hufflepuff. El trío luego entró en la Sala de los Menesteres en busca de la diadema de Rowena Ravenclaw, pero fueron emboscados por Draco Malfoy, Gregory Goyle y Vincent Crabbe. El trío formó un plan para entrar en la bóveda de los Lestrange en Gringotts para recuperar la copa de Helga Hufflepuff, que era un Horrocrux, tottenham camiseta con la asistencia reticente de Griphook. Harry y Ron lucharon contra Peter Pettigrew antes de correr escaleras arriba para salvar a Hermione y Griphook. Con gemidos y gritos de dolor de Hermione haciendo eco en toda la casa, Harry y Ron no vieron posible una esperanza de salir de allí. En algún momento, Hermione, Harry y Ron estaban todos los Cromos de Ranas de Chocolate por sus logros.
Hermione, Harry y Ron se quedaron en El Refugio durante algún tiempo, mientras Fleur ayudó a Hermione a recuperarse de su trauma. Justo cuando Bellatrix estaba por cortar su garganta, Dobby volvió e hizo que se estrellara la araña del techo en el suelo, lo que permitió a Harry y Ron agarrar sus varitas y desaparecerse con Hermione, Griphook y Dobby a El Refugio, donde Bill y Fleur se instalaron después de su matrimonio. El trío accedió a regañadientes a los términos de Griphook. A pesar de su dolor, el trío continuó con el esfuerzo de localizar a Nagini, otro Horrocrux. Hermione esquivó una maldición asesina y logró aturdir a Goyle, y entonces ella y Ron los arrastraron fuera de la habitación en una escoba, ya que se incendió debido al fuego maldito de Crabbe, que también destruyó al Horrocrux. Después de muchos desafíos desgarradores y haber sido traicionados por Griphook, Hermione, Ron y Harry se escaparon en la parte posterior del dragón que custodiaba la bóveda, con otro Horrocrux en su poder. El trío escapando de Gringotts en un dragón.
El trío fue invadido por los dementores y todos tenían dificultades para convocar a sus patronus debido al horror de sus experiencias recientes, pero Luna Lovegood, Ernie Macmillan, y Seamus Finnigan vinieron en su ayuda. Hermione era una de los cinco retratos pintados de Luna – junto con Harry, Ron, Ginny y Neville – que colgaban del techo de su habitación, y la palabra «amigos» en dorado unía a los retratos. En su camino, Hermione incapacitó a dos mortífagos que perseguían a ella, Harry y Ron, y lanzó lejos a Fenrir Greyback luego de haber atacado a Lavender Brown, probablemente salvó la vida de la otra chica. La relación de Ron con Lavender terminó poco después, y tanto él como Hermione estaban contentos por ello. Y él lo tiene. Junto con Harry y Ron, ella ayudó a revolucionar el Ministerio y reformar el mundo mágico. Ella lo recogió mientras los dos salieron de la casa y lo leyó mientras acampaban durante su séptimo año con Harry y Ron, tratando de encontrar pistas que la ayudaran a ella y a sus amigos a localizar y destruir los Horrocruxes de Voldemort. Durante la breve pausa en los combates, cuando Voldemort lanzó un ultimátum a Harry, Hermione consoló a Ginny Weasley sobre la muerte de Fred.
Harry, Hermione y Ron entonces fueron testigos de la muerte de Fred Weasley, todos ellos quedaron devastados. Bajo la Capa de Invisibilidad de Harry, los tres se dirigieron a la Casa de los Gritos, donde fueron testigos de como Voldemort ordenaba a su serpiente Nagini matar a Severus Snape. Cuando Lord Voldemort y su ejército se acercaron con un Harry supuestamente muerto, Hermione gritó de horror y rechazo. Ellos se reunieron con sus amigos del Ejército de Dumbledore, el cual volvió a formarse, declarando su deseo de luchar contra la invasión del ejército de los mortífagos. Eso sí, al margen del convincente debut triunfal, la preocupación no deja de perseguir a Brasil y a Neymar. Brasil se defiende bien. “Siempre que haya una causa importante, siempre daré la cara, más aún jugando en la selección de Brasil y en Inglaterra. Fuera de sus actuaciones en Copas del Mundo, la posibilidad de roce internacional a gran nivel para la selección nacional era mínima. Turno para el himno nacional de Marruecos, que sonará por última vez en este Mundial de Qatar. Desafortunadamente, Dobby fue asesinado durante este escape.